区别为：级别不同、职责范围不同、负责不同。

一、级别不同生态保护厅为省（自治区、直辖市）政府工作部门。环境保护厅是政府职能部门，最高机关系生态环境部，隶属于国务院管理。

二、职责范围不同生态保护厅履行省级环境保护局的职责，及应对气候变化和减排等职责。

2、环境保护厅以下环保机构的职责为对地方政府环境保护监测监察执法垂直管理。