你可以把文件打印出来再盖章，然后再扫描发送给对面公司如果你想直接在PDF文档上面盖章，你可以安装adobe reader来打开这个PDF文档，然后使用盖章功能，之前你可以把你们公司的公章盖在一张白纸，然后拍照到电脑，然后导入adobe reader盖章功能

扫描件是否可以盖章要看单位制度是否允许，如果制度允许，按制度规定盖章就可以了，如果制度不允许则要求对方提供原件后再盖章。