最大的区别肯定是毕业学位。

九年制直读博 士，八年制硕士毕业， 在研究生阶段培养的时候，八年制是三十三个月规范培训，九年制是三十三个月规范培训加一年科研提升，最高可被延迟毕业四年，九年制实行小班制， 八年制每年招生 进校以后还要分班，当然分班会根据学习研究的方向，比如分基础医学，针灸推拿学， 临床医学，以后从事的偏重可能不一样 ，相关课程也有差异。整体上九年制和八年制在一些学校的课程设置，教学方法和进度，师资配备都会有区别。