医师定期考核填写的是最高学历。

根据《医师定期考核管理办法》规定，医师定期考核每两年为一考核周期，以业务水平测评、工作成绩和职业道德评定来考核医师在考核周期内的执业情况。医师定期考核分为执业医师考核和执业助理医师考核，考核类别分为临床、中医、口腔和公共卫生等。