农村自建房第二层建楼层高度应该根据实际情况进行考虑，包括土地面积、建筑结构、地理环境等因素。

一般来说，建议控制在6米以内，既能满足居住需求，又可以避免建筑物高度过高造成的安全隐患。同时，需要保证建筑物的稳定性和安全性，在建造过程中应严格按照相关规定和标准进行操作，确保房屋安全可靠。