农村自建房每层的高度应根据使用需求和安全考虑来确定。

一般而言，每层高度应控制在2.7-3米之间较为合适。这样的高度既能够满足居住者的正常活动空间需求，还方便日常家庭生活和家具摆放。同时，适度的层高也可以提供良好的通风和采光条件，增加居住的舒适度。然而，在设计过程中还需要考虑地基承载能力以及建筑材料的选用，保证房屋结构的稳固耐久性。综上所述，每层高度的选择应综合考虑居住需求、安全性以及建筑材料等因素，以确保农村自建房的合理性和实用性。

《住宅设计规范》规定：

1、普通住宅层高宜为2.80米。

2、卧室、起居室(厅)的室内净高不应低于2.40米，局部净高不应低于2.10米，且其面积不应大于室内使用面积的1/3。

3、利用坡屋顶内空间作卧室、起居室(厅)时，其1/2面积的室内净高不应低于2.10米。

4、厨房、卫生间的室内净高不应低于2.20米。

5、厨房、卫生间内排水横管下表面与楼面、地面净距不应低于1.90米，且不得影响门、窗扇开启。

如果是北方地区，层高不宜做得太高，要考虑到保温等问题，一般一层3.3米，二层以上3.0米。南方地区夏季潮湿炎热，

一层层高可以适当高一点，3.6米比较合适，

二层以上3.0-3.3米比较好。根据《住宅设计规范》相关规定，普通住宅层高一般为2.8米，而净高一般不低于2.4米，局部净高不应低于2.1米。