员工借款出纳做账时，需要按照以下步骤进行操作：首先，核对借款人的身份和借款金额，并将其记录在借款登记表中。

其次，将借款金额从公司的银行账户中转移至借款人的个人账户中，记录在银行转账单上。最后，将银行转账单和借款登记表归档存档。在做账过程中，需要保证记录准确无误，并及时进行审核和审批，以确保公司的资金安全和合规性。