有海关管理、金融、工商管理、法学、外语等23个本科专业,以及海关管理等4个硕士专业和海关管理等2个博士专业。

海关管理、金融、国际贸易、国际经济法、商务英语等专业是海关大学的特色专业,深受广大学生的青睐。

海关专业有行政管理（海关管理方向）、审计学（海关稽查方向）、物流学（国际物流与海关监控方向）、财政学（海关关税方向）、法学（海关法律方向）。