土木工程系是应用广泛的专业，所以基本上所有理工科大学都设有士木工程专业，而且是大系和重点专业，所有211工程大学也都设有土木工程系，南京土木工程系很好的院校有，985的东南大学，211工程大学分别是南京航空航天大学，南京理工大学，河海大学，南京农业大学，江苏省重点院校之一的南京工业大学，等等。

211的土木工程系大学有许多，比较有名的有清华大学，哈尔滨工业大学，同济大学，浙江大学，湖南大学，中南大学，兰州大学，南昌大学，厦门大学，武汉大学，四川大学，中山大学，西南交通大学，山东大学，中南大学，天津大学，长安大学，吉林大学，西南大学，华中科技大学等等