由当地县（市、区）人民政府审批。

农村自建房申请程序如下：

1、村民向村委提出申请。

2、乡（镇）国土所（非耕地）或县国土局（耕地）派员实地调查察看。

3、村民到乡（镇）国土所领取《村民建房用地申请表》，填表后经本组村民户主签字盖章（含邻里），对四邻无影响的，村、组签具意见后呈交（镇）国土所。

4、乡（镇）国土所审查，测量绘制用地平面图，乡（镇）人民政府审核。

5、县市区国土局，建房用地缴纳规费。

6、县市区人民政府批准。

7、委托乡（镇）国土所发放建设用地许可证，派员实地放线。

8、乡（镇）国土所对村民竣工后的建房用地进行验收。