北大公学有两个校区。

其中一校区位于北京市海淀区，在北大公主坟附近，是北大公学的主校区。这个校区占地面积较大，拥有现代化的教学、图书馆、科研设施和学生宿舍。另外，北大公学还有一个位于北京市东城区的二校区，坐落在北京教育公园内，方便接纳更多的学生。这两个校区共同构成了北大公学的教育体系，致力于为学生提供丰富的学习资源和良好的学习环境。

北大公学国际学校校区遍布全国，包括北大公学禹州国际学校、北大公学昌乐国际学校、北大公学洛阳国际学校、北大公学天津武清国际学校、北大公学沈阳泛海国际学校、北大公学南阳国际学校、北大公学驻马店国际学校等。