中国药科大学现有药学、中药学2个一级学科博士点，中西医结合基础1个二级学科博士点，生物学、化学、生物医学工程3个一级学科硕士点，药学硕士、中药学硕士、工程硕士（制药工程领域）、应用统计硕士、公共管理硕士5个专业学位授权点，共计24个博士学位授权点，37个硕士学术学位授权点、5个硕士专业学位授权点。

设有药学、中药学2个博士后科研流动站，是全国药学专业学位研究生教育指导委员会秘书处所在单位。