三省六部制的局限性如下。

三省六部制打破了先前世家大族垄断权力的局面，更加有利于中央集权，皇帝的权力变大。而科举制代替了九品中正制，为寒门仕子找到了出路，每个人都有机会当官。虽然三省六部和科举制是在唐朝发扬光大，更被人们熟知，但是他们的创立是在隋朝而不是唐朝。

三省六部制，一般泛指总管政务大权的中书省、协助中书省共议国事的门下省。而六部泛指吏部、户部、礼部、刑部、工部、兵部。

因为三省分别掌管对诏令的制定、审核与执行，使原来独立的相权分属三个部门，结果往往造成相互掣肘、职责混淆，虽有政事堂之设以协调矛盾，然并未能收到预期效果。即如【资治通鉴。唐记】所云：“每议政之际，是非蜂起，上不能决也。”唐代宰相又失之名称过多，重床叠屋。“唐世宰相，名称尤为不正”，除了中书令、侍中、尚书令等原三省长官外，后来尚书仆射、参议得失、参知政事等等，“其名非一，皆宰相职也”，往往造成“有宰相之职，而无宰相之权；有宰相之权，未必有宰相之责”的流弊，及至中唐以后，乃导致宦官擅政、牛李党争等弊政。