截至2022年，盐城工学院拥有2个硕士学位授权一级学科，8个硕士专业学位授权类别；拥有6个省级一级学科重点建设学科6个。

其硕士点专业分别是：专业型08工学学科0852工程硕士和学术型08工学学科的0817化学工程与技术、0805材料科学与工程。