药学专业考研究生的时候可以考临床医学研究生，但是仍然不能当医生。

想要从事临床医学诊疗，必须要有临床执业医师证才行。按照新的医师资格考试报名资格规定(2014 版) ，本科临床医学或者研究生是临床医学专业型硕士的，才有资格报考临床执业医师。你本科药学专业，很显然你的本科学历不具备报考临床执业医师的资格条件。