南京大学的冷门专业有：历史学、社会学、天文学、哲学、生态学、环境科学、生物化学、材料化学、材料物理等等，当然冷门和热门都是相对的，有的入校时是冷门，但毕业时就成了热门，有的本科阶段是冷门，但到研究生以上阶段就成了热门，切不可一概而论。

南京大学冷门专业有民商法学、汉语言文字学、计算数学、语言学及应用语言学、土地资源管理、基础心理学、运筹学与控制论、电磁场与微波技术、外交学、应用化学、区域经济学、地球探测与信息技术、制冷及低温工程、第四纪地质学、物理电子学。