毕业证代表的是你的专业，学位证简单地说是一种荣誉。

单位招聘时看的是你的专业，也就是按毕业证上的专业进行认定（这是一般情况）。当然，特殊的要求我就不清楚了。另外，为什么会出现这种毕业证与学位证专业不同的情况呢？简单地说，就是负责发证的学校没有取得某些专业的学位颁发资格，唯有选其他专业颁给学生。