南通航运学院是一所公办大专院校，共开设7个学院，1个本科专业，41个专科专业。

该校的航海技术、港口机械与自动控制、轮机工程技术等专业是全国职业院校交通运输类示范专业点之一。

南通航运学院是大学专科，没有本科专业。