一般来说，福建医科大学自考本科学位证一年可以申请两次。

但请注意，学位申请是有期限的，申请的期限是毕业证书注明的毕业日期往后的一年内。另外，申请的具体时间以主考院校公布的时间为准。以上信息仅供参考，建议咨询福建医科大学相关部门或查阅学校官网，以获取最准确的信息。