凭你说的情况还不好判断，有些条款没提供。

扣除并不代表没包含2项，只是因为这2项存在变数，对预付款的付款基数有影响。从你提供的模糊情况看，甲方应该不需要再单独支付你关于这部分专业工程的预付款，而因由总包单位根据分包合同进行支付。希望你提供更清楚的情况，才好判断。