农业部门对农民专业合作社没有监管职责。

《农民专业合作社法》第九条规定：县级以上各级人民政府应当组织农业行政主管部门和其他有关部门及有关组织，依照本法规定，依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。 也就是说各级农业部门对农业专业合作社有指导、扶持和服务的职责。具体的工作机构一般是各级农业部门的农业经济管理部门，一般是经管司（局、处、站）等。