企业在新三板挂牌后，运作的成本主要有三部分：

1、卷商督导费5-10万元；

2、会计师事务所的审计费用；

3、向交易所支付的挂牌年费。

具体规定如下：总股份2000万股（含）以下，年费2万元；总股份200-5000万股（含）以下，年费3万元；总股份5000万股-1亿（含）以下，年费4万元；总股份1亿股以上，年费5万元。