南京工业职业技术大学的王牌专业还真不少，属于国家级特色专业有：生物工程、安全工程、化学工程与工艺、土木工程、计算机科学与技术、材料科学与工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、金属材料工程、冶金工程、复合材料与工程、过程装备与控制工程。

属于江苏省品牌专业有：化学工程与工艺、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程、生物工程、勘查技术与工程、安全工程、制药工程、建筑环境与设备工程。

南京工业职业技术大学王牌专业有：

机电一体化技术、电气自动化技术、模具设计与制造、机电技术应用、物流管理、软件技术、商务英语应用、信息与网络技术、汽车制造与装配技术、电子信息工程技术等，可以算得上是最好的一些专业。