内蒙古医科大学现有中医（蒙医学）1个博士学位一级学科；基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中医学、药学、中药学、护理学、生物学9个硕士学位一级学科；临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、中医硕士、公共管理硕士7个硕士专业学位类别。