深圳医学科学院和深圳大学医学院是两个不同的机构。

深圳医学科学院是由深圳市政府设立的，其性质为市政府举办的事业单位，实行党委领导下的院长负责制。该机构不定编制、不定级别，并实行社会化用人制度。而深圳大学医学院则是深圳大学的一个二级学院，于2007年经深圳市人民政府批准成立。为了促进交叉学科的发展，原在深大信息工程学院的生物医学工程系也转入了医学院。尽管两者都与医学相关，但它们的管理结构、成立背景和所属系统存在明显差异。

区别于学挍的名称不同。对于深圳医学科学院是医学类的专业，而深圳大学是综合类的一类大学。两学校名称和所学的专业知识也不一样。