1.学历性质不同：专接本属于全日制普通本科教育，为第一学历；自考为第二学历。

2.就读年限不同：专接本的就读年限为两年，部分医学类专业三年。自考，没有固定的就读年限。

3. 学习方式不同：专接本为全日制脱产就读；自考为自学，教育部门只负责组织考试来检验考生的学习效果。