重庆大学，西南大学，西南政法大学。

排名第一的是重庆大学，作为重庆唯一的一所国家985高校，国家研究型大学，在校研究生数量和培养质量应是最好的。西南大学，国家211工程大学，同属国家研究性大学，在校研究生数量仅次于重庆大学，位居第二。