交通部规划研究院组建于1998年3月4日，是由分别成立于1953年和1954年的原交通部水运规划设计院和交通部公路规划设计院中从事规划工作的部门成建制合并组成的。

交通部规划研究院具有公路、港口河海工程、通信信息专业甲级工程咨询资格证书，水路行业、电子通信广电行业通信工程类和公路行业甲级工程设计证书，生态建设和环境工程专业丙级工程咨询单位资格证书，具有由国家环境保护总局认定的规划环境影响评价资格，是国家发改委委托评估咨询国家重点建设项目的35家评估咨询单位之一和国际咨询工程师联合会成员协会会员。