最大的区别就是如果全部读下来的话，5年制大专是获得大专文凭，而6年制本科是本科毕业证书，高了一个学历层次。

对于初中起点的考生来讲，读5年制大专或6年制本科都是具有一定挑战的，由于时间比较长，不一定能够坚持下来，中间会有多次的考试考核，如果不及格，就有可能半途而废。