二级建造师和二级结构师属于不同专业，不发生冲突，如果需要，二个专业都可以报考。

当然，二级建造师合格率高，报考条件不高，因为搞现场施工的需求大人员多，相对容易通过。但结构师社会需求的很少，相对考试难度就大得多，合格率很低。你自己要根据工作需要和所学专业等实际情况来选择。