自考本科档案和高中档案是分开的，并不在一起。

自考档案属于非全日制档案，需要和高中档案一起，才能在户籍地或工作所在地人才市场申请建档，否则自考学籍档案是无法存放到人才市场的。如果自考档案里没有高中档案，可以回到高中学校补一份档案。这个不能作为档案拒收的理由。以上信息仅供参考，如有疑问，可以咨询相关人士或者查阅官网，了解具体情况。