选择福建医科大学还是南方医科大学，主要取决于个人的专业偏好和未来的职业规划。

如果你的专业偏好是福建医科大学所擅长的领域，或者你计划在福建省内就业，那么福建医科大学可能是一个更好的选择。作为本省的高等医学教育机构，福建医科大学对于本省的学生来说，可能更具有地域优势和专业契合度。另一方面，如果你对南方医科大学的专业更有兴趣，或者你希望将来在广东省或其他省外地区就业，那么南方医科大学可能更适合你。南方医科大学在省外就业方面的优势可能更大，因为它可能提供更多省外实习和就业的机会。最终的选择应该基于你对专业的偏好、未来的职业规划以及两所学校各自的教学资源、师资力量、实习机会等方面的比较。无论选择哪所学校，重要的是找到最适合自己发展和兴趣的那一所。