新版人力资源管理师和企业管理师的主要区别在于证书的颁发单位不同。

新版人力资源管理师是由济南人力资源和社会保障局颁发的，而企业人力资源管理师是由国家人力资源和社会保障部颁发的。此外，新版人力资源管理师考试内容也有所不同，包括基础知识、法律法规、实务技能等。