区别主要体现在以下几个方面：

概念上的差异：

自由交配（自互专）：是指群体中的个体随机进行交配，无论基因型相似与否。这意味着，自由交配不仅包括基因型相同的个体之间的交配，也包括基因型不同的个体之间的交配

涉及的生物范围：

自由交配：同样适用于植物和动物，但动物中的自由交配更加多样，因为它们可以在雌雄之间进行

成果上的差异：

自交：如果有一个含有一对等位基因（Aa）的生物持续自交n代，产生的后裔中基因型为Aa的个体将占1/2n，而基因型为AA和aa的个体各占1/2×(1-1/2n)