参合农民在县内医疗机构以及县外开展即时结算的医疗机构就诊，先垫付医疗费，出院时在该医疗机构直接报销医疗费；在县外以未开展即时结算的医疗机构就诊所发生的医疗费用先由个人支付，出院后持《肥东县新型农村合作医疗就诊证》、收费收据、费用清单或新型农村合作医疗专用处方、出院记录等相关资料到乡镇合管办申请办理补偿。

每月10日、25日为乡镇合管办受理日，受理后由初审员和卫生院院长初审签字，乡镇合管办主任复审并加盖乡镇合管办公章，在下月的5号报县合管办，审批后，由乡镇合管办进行公示，兑现农民医疗费补偿金。