遵义医学院和毕节医学高等专科学校都是贵州省内的医学高等教育机构。

根据2019年教育部学科评估结果，遵义医学院医学专业排名为本科第68位，毕节医学高等专科学校为第166位。另外，遵义医学院作为一所本科院校，相比于毕节医学高等专科学校，它提供的学科专业更加全面，硕士、博士学位更容易获得。综合来看，遵义医学院在医学教育领域的声誉和实力更强，因此在选择医学院校时，遵义医学院应该更有优势。