南京大学苏州研究生院主要招收的专业学位研究生专业有工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）和工程硕士（有项目管理、物流工程、工业工程等领域）。

同时，还设有不同方向的研究生课程进修班以及与苏州本地企事业单位合作的短期培训项目。