2001年，教育部指定清华大学对口支援青海大学； 2002年，青海大学顺利通过教育部本科教学工作评估； 2003年，实现农科类硕士点零的突破； 2004年，成为省部共建大学； 2005到2006年，实现工科硕士点、法学类硕士点和医学博士点零的突破； 2007年，教育部增列西北农林科技大学、中国地质大学对口支援青海大学，学校实现一本招生零的突破。

如今的青海大学有8个校区，拥有固定资产6.64亿元，比过去四十年的总和还要多。 2008年9月18日，青海大学被教育部批准进入国家“211工程”重点建设大学