自考本科所报两个专业有相同的科目可以顶考，但并不是系统自动免考，而是你需要按照自考办的要求来办理免考手续。具体程序可以查阅本省发布高等教育自学考试信息的网站。

如果同时报了两个专业，一科未过不会影响另一专业拿毕业证的，各是各的。

可以

1、自学考试中，两个本科专业的学分相同、名称相同的课程可以相互顶替。

2、所以不仅科目名称相同，而且学分相同的，才可以顶替。