两自一包和员额制是两种不同的教师管理方式，主要区别如下：

编制来源：员额制教师的编制是由政府和教育部门统一安排的，而两自一包教师则是由学校或学区自主招聘、管理和安排的。

管理方式：员额制教师由政府和教育部门直接管理，包括考核、评价、奖惩等，而两自一包教师则由学校或学区自主管理，包括考核、评价、奖惩等。

待遇和薪酬：员额制教师的薪酬和福利待遇由政府和教育部门统一规定和发放，而两自一包教师的薪酬和福利待遇则由学校或学区自行制定和发放。

稳定性：员额制教师通常具有较高的稳定性，而两自一包教师则可能具有更高的流动性。

需要注意的是，两自一包和员额制的具体差异可能因地区、学校和政策等因素而有所不同，因此具体的比较需要结合具体情况进行分析。