六合区只有一所高职院校——南京科技职业学院，位于大厂葛塘。

南京科技职业学院（Nanjing Polytechnic Institute），位于江苏省南京市，是江苏省人民政府举办、省教育厅直管的全日制专科层次普通高等院校，2007年成为首批10所江苏省示范高职院校建设单位之一，2014年5月被确认为国家骨干高职院校。

在南京六合区大专的院校有南京信息职业技术学院（原来是南京中等技术学校），南京交通职业技术学院，南京化工职业技术学院等。