1. 报名方式不同。陕西16所联考需要报名参加专门考试，而综合评价大专不需要参加独立考试。

2. 参考规范不同。陕西16所联考只按分数优劣录取，而综合评价大专除学业成绩外还看综合素质、能力等专业。

3. 录取方式不同。陕西16所联考只能被一所学校录取，而综合评价大专可以同时被多所学校录取，学生可以从拟录取的学校中选择学校。

此外，陕西16所联考主要面向中专生，考察技能和文化课语数英；而综合评价主要面向普通高中生，参考高中合格考考试成绩和综合素质，可能还包括面试等环节。