三本志愿只能填两个。

1. 这是因为高考报考时规定每个考生最多填报两个本科高校专业志愿。所以，仅可以填报两个本科高校专业志愿。

2. 同时，在填报志愿时，应该根据自己的实际情况和个人志向，合理选择填报的两个本科高校专业志愿，以提高自己录取的概率。

3. 此外，没有选上的考生可以通过追加志愿和平行招生等方式继续争取录取机会。

专科院校按照第一志愿，第二志愿共四个志愿填报。每个志愿可以报6个专业。