二者学习方式不同。函授是以自学和集中辅导的方式进行学习的；而自考则是以自主学习的方式进行的。二者在考试方面也有很大的不同。函授各科考试是到主考院校参加考试；而自考考试是全国统一时间在当地进行考试。

学历层次是一样的。不同的是函授本科入学需进行入学考试。自考本科则没有入学考试。入学不受教育程度的限制，函授报考则必须有国家承认的大专文凭。