肇庆医学高等专科学校校区分为主校区和分校区。主校区位于广东省肇庆市端州区，占地面积较大，设有教学楼、实验室、图书馆等教学设施，提供全日制专科学历教育。

分校区位于肇庆市鼎湖区，也设有教学楼和实验室，为学校的分流教学基地。主校区和分校区之间有定期的校车班次，方便学生之间的交流和学习。学校校区的分配合理，为学生提供了多样化的学习环境和资源，促进了学生的全面发展。