吉首大学成立于1958年4月，1978年复升为省属综合性大学，同年中南大学湘雅医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系，湘潭大学湘西分校并入吉首大学组建体育系，2000年，吉首卫生学校并入吉首大学；2001年，湘西民族教育学院与吉首民族师范学校并入吉首大学组建吉首大学师范学院；2002年，武陵高等专科学校（武陵大学）并入吉首大学成为吉首大学张家界校区。