可以。自考本科是可以报考东南大学在职研究生的。目前东南大学在职研究生主要是以同等学力的形式进行招生的，同等学力申硕参加学习的课程研修班是分为春季班和秋季班的。课程结束并且考试合格，会颁发结业证书证书。