学校始建于1949年，曾隶属于国务院高教部，1957年划归吉林省所属。

1958年8月，延边大学分立为延边大学、延边医学院、延边农学院、延边工学院。

1996年经原国家教委批准，原延边大学、延边医学院、延边农学院、延边师范高等专科学校、吉林艺术学院延边分院和中外合作办学机构—延边科技大学（筹）合并组建成新的延边大学。