公租房住了两年后年审核不合格只能退房。但是审核不通过年审不合格只能退房，但是审核不通过，又确实需要续租的情况下，可以向公经营单位申请在这一年里，租金按标准收取，等一年的搬迁期过了应自主退出。并且每个公租房租户只能申请一次搬迁期。