从桂林市区到磨盘山客运码头，可以选择以下两种主要方式：

1. 打车。从市区到磨盘山是没有班车可以去的，只能从三里店打车过去，大概18公里以上，平时只有旅游大巴车和出租车会进磨盘山码头。

2. 跟团游或者包车。这也是一种比较方便的方式，你可以选择加入一个旅游团或者包车前往磨盘山码头，车程大约是50分钟左右。

以上是从桂林市区到磨盘山客运码头的一些交通选择，希望对你有所帮助。在选择交通方式时，应考虑自己的时间、预算以及出行习惯等因素。